טיפול בפטריות בציפורניים באמצעות מכשיר לייזר הוא הטיפול היעיל ביותר הקיים בתחום הרפואה נגד פטרת הציפורניים אולם צריך להדגיש כי יש צורך להבחין בין מאות סוגי הלייזר הקיימים בשוק ולא כל לייזר נותן מענה הולם לבעיית פטרת הציפורניים או במילים אחרות יש צורך להבדיל בין מה שקרוי בשפת היום-יום "לייזר קוסמטיקאיות" לבין "לייזר רפואי" . הלייזר בו משתמשים במכון לבריאות הרגל הנו לייזר רפואי הנו מסוג: NdYAG אורך גל: 1064 ננו-מטר בעוצמות: 35~45 ג'אול לכל מטר רבוע, עם תדירות פעולה של הרצים בודדים, עם חדירות בתא החי של 4 מילי-מטר, תוצרת: FOTONA ארץ ייצור: סלובניה באישור משרד הבריאות.היכולת של מכשיר הלייזר לחדור כ - 4 מילימטר מתחת לפני הציפורן אל עומק הבשר החי ולקטול את כל סוגי הפטריה באופן מוחלט הוא שהופך את הטיפול ליעיל.

טיפול בפטריות בציפורניים באמצעות משחות, טיפות ומרקחות (שמן עץ התה, אגיספור, למיסיל) איננו טיפול יעיל כלל וכלל במחלת פטרת הציפורניים שכן הציפורן עצמה לא מאפשרת את מעבר החומרים האנטי פטרייתיים למקום בו מתפתחת הפטרייה והוא בעומק הבשר החי.

טיפול בפטריות בציפורניים באמצעות טיפול תרופתי אנטיביוטי איננה האפשרות המועדפת לטיפול במחלת פטרת הציפורניים שכן חלקים גדולים מאוכלוסיית המטופלים חווים פגיעה בתפקודי כבד עקב נטילת כמוסות אלו. נציין גם את העובדה שהטיפול לא יעיל במאות האחוזים מסיבה מאד ברורה והיא שהחומרים האנטי פטרייתיים לא תמיד מגיעים לאזור שמתחת לציפורן שם מחזור הדם איננו פועל תחת סירקולציה מלאה.